（1）大家可以在新魚池剛投入使用時，在初放魚的時間段里可以相應地投放一些高效的凈水菌種，這些菌種一旦在你的魚池和濾器里安下家來并繁衍生息，對日后的魚池生態將有著非常突出的作用；在沒有放魚的新池里投入這些菌種將不會有什么作用，因為這樣的水中缺乏這些微生物們賴以生存的營養物質。
  （2）在每年的春季清洗濾器并準備重新給魚投食的時間段里也適當地投放一些，以幫助因為冬季的寒冷而停滯或損失的菌種數量迅速得以恢復到較高的水平
  （3) 在偶爾大量或是徹底換水的情況下也可以適當補充些有益菌種。
  （4）有些時候比如魚病治愈后的恢復階段也可以適當加以補充。
  我們最經常投入的菌種是硝化細菌，至于光合細菌是水中所固有的，一般對于室外的魚池來說并不需要投放。應該注意到的是，市售的液狀硝化細菌有多少活性的成份是相當值得懷疑的；有條件的魚友用高效的凍干劑效果會更好的。
第二種辦法是最高效的，但一般不適合于推廣。就是在投入新的菌種前把原先飼水里的土著微生物進行殺滅，這樣新投入的菌種自然而然就很容易形成種群的優勢了。這種辦法多適用于實驗室的環境和條件，在這里我們沒必要進行深入的探討。常年無需換水，水質清澈見底
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