發明專利申請公布以后，如果申請人已經辦妥了實審請求手續(提出實質審查請求并已繳納了實質審查費2500元)，申請將進入實審程序，專利局會發給申請人"進入實質審查階段通知書"。如果申請人沒有辦妥實審請求手續，那么專利局則等待申請人辦理實審請求手續；從申請日起滿三年，申請人未提出實審請求的或者實審請求未生效的，申請即被視為撤回。
　　進入實審程序的申請將按照進入實審程序的先后順序等待實審。在實審中，審查員將在檢索的基礎上對專利申請是否具備新穎性、創造性、實用性以及專利法規定的其它實質性條件進行全面審查。經審查，認為不符合授權條件的，或者存在各種缺陷的，應當通知申請人在規定的時間內陳述意見或進行修改(答復第一次審查意見通知書的期限是4個月)。申請人在指定期限內未答復的，申請被視為撤回。經至少一次答復或修改后，申請仍不符合要求的，予以駁回。由于實審的復雜性，審查周期一般要1年或更長時間。
　　發明專利申請在實質審查中未發現駁回理由的，或者經申請人修改和陳述意見后消除了缺陷的，審查員將制作授權通知書，申請按規定進入授權準備階段。