脈沖式煤層注水過程為：電動機帶動脈沖式煤層注水泵運轉，輸出的脈沖高壓水進入帶節流裝置的壓力調節器，壓力調節器根據煤層的滲透能力，在確保有足夠脈沖水壓強度的前提下，自動控制輸出水量的大小，脈沖強度由壓力顯示器顯示；呈高度脈沖的高壓水通過管路系統注入煤層內部的過程中，在不壓裂煤層的條件下，脈沖高壓水在煤層內部形成的“水擊”現象，迫使煤層內部原有封閉裂隙相互溝通或直接在煤層內形成新的裂隙網，提供水在煤層內部流動的網絡通道，靜壓水通過這些網絡滲透到煤層內部，使煤層得到有效濕潤，煤層注入水量的多少由高壓水表顯示。一般條件下脈沖式高壓注水采用脈沖泵壓裂和溝通煤層裂隙、靜壓水浸潤煤層的動、靜壓交替注水方式（水濕潤并進入煤層微小裂隙在于毛細力和分子運動，與注水壓力無關，注水壓力只在于迫使水進入煤層內大的裂隙網）；即脈沖泵開啟一段時間（時間的長短視煤層原有裂隙的發育和溝通情況不同而定，一般開啟脈沖泵約半小時測定一次脈沖泵的最大脈沖壓力，當脈沖壓力有明顯降低時，可認為脈沖壓力水已在相當程度上強制溝通煤層原有裂隙網或在一定范圍的煤層內部形成新的裂隙網），關閉脈沖泵，進行靜壓注水，在靜壓注水流量明顯降低或注不進水時，再次開啟脈沖式煤層注水泵，如此反復，直至煤層注水工作結束。