使用黑膜沼氣池還節省了污水處理費。糞污經過生物堆肥和厭氧發酵等環節的處理，殺滅有毒有害病菌、病毒和寄生蟲卵，根除了蚊蠅的滋生場所，減少人畜病害；大大減少了污水及其他有害雜質，減輕了對地下水及下游水質的污染，保護當地及下游飲水人口的身心健康。
黑膜使用壽命長達10年以上，不污染地下水和土壤，還由于采用固液分離，氣味得到改善，并不影響周圍農戶。