馬德里注冊的缺點：

1、 注冊國家的局限性：

馬德里聯盟成員國偏重于歐洲國家，一些同我國貿易聯系密切的國家，諸如美國、加拿大及東南亞各國目前還不是成員國。我國企業無法通過馬德里國際注冊途徑在這些國家取得商標注冊。

2、 要求以國內申請/注冊為基礎：

國際注冊必須以國內商標申請/注冊為基礎。在《馬德里協定書》項下，申請必須基于相同商標的國內注冊或初步申請公告；在《馬德里議定書》項下，申請必須基于相同商標的國家注冊申請，因此，在申請的時間上有一定的限制。

3、 注冊效力的不穩定性：

由于國際注冊要求以國內申請/注冊為基礎，五年后才能與原屬國的注冊脫鉤，因此一旦原屬國的注冊在五年內被撤銷，國際注冊也隨之將被撤銷，這一情況又被稱之為"中心打擊原則"。