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1996年7月1日，CCTV-3借節目上星之機調整了欄目布局和播出時間，每周一、三、五以戲曲節目為主，二、四、六以音樂節目為主，每天共播出17個小時。戲曲欄目有《戲迷園地》《戲曲采風》《戲苑百家》《戲曲大舞臺》《名段欣賞》《知識庫》《梨園群英》等，音樂欄目主要有《音樂直播廳》《星星擂臺》《中國音樂電視60分》《星星音樂會》《音樂知多少》《我的成名曲》《請跟我唱》《銀屏歌聲》《外國音樂》《音樂電視賞析》等。[3] 每晚18:20還重播《東方時空》（含周日播出的《實話實說》）。
1999年8月30日，CCTV-3每天平均播出17小時以上，其中首播節目時長占49.4%。[2] 
2000年12月18日，CCTV-3在保留部分欄目的同時，增加了頻道整體節目時長，特別是黃金時段首播的節目時長，陸續推出《周末喜相逢》、《同一首歌》、《挑戰主持人》、《走進幕后》、《與您相約》、《聊天》、《綜藝快報》、《八面來風》、《國際藝苑》、《朋友》和《外國文藝》等欄目。第三套節目還將《國樂飄香》、《交響世界》、《戲曲采風》、《舞蹈世界》、《電視詩歌散文》等高雅藝術類欄目列為重點，同時以《藝術人生》、《愛心世界》、《演藝競技場》、《新視聽》、《瞬間世界》等欄目，滿足廣大觀眾多種多樣的欣賞需求。[2] 
2004年10月8日，頻道正式改版播出。[7] 晚間節目時段的文化評論性節目《文化訪談錄》，以“聚焦熱點文化事件、剖析典型文化現象、評說重大文藝作品”為訪談范圍，關注當代中國文化的建設。這也是中央電視臺唯一一檔專門的文化評論欄目。而《聯合對抗》作為一檔獨特的電視競猜類節目，在實現廣泛意義互動基礎上，將更具大眾化、平民化取向。此外，動漫節目《快樂驛站》在綜藝頻道晚間時段播出，其電視化的技術和藝術表現手段演繹出新的娛樂形式——“電視漫畫”，詼諧、幽默，成為了綜藝頻道節目類型的有益補充。
2010年4月14日，因"青海玉樹發生7.1級地震"，按照廣電總局的規定暫停娛樂節目1天，全程并機直播CCTV-13（各大頻道以及衛視頻道全部并機）；8月7日，因"甘肅舟曲特大泥石流"，按照廣電總局的規定暫停娛樂節目1天，全程并機直播CCTV-13（各大頻道以及衛視頻道全部并機）。
2010年9月，CCTV-3更改版面編排，切齊每天的播出時間，讓所有的節目播出都在整分整點上。形成欄目帶概念，每天晚上將節目性質相近，受眾群體相對一致的幾個欄目形成縱向欄目帶，而橫向節目以日播的形式播出。[35] 改版基于兩個基礎：欄目內容老化、并且有同質化現象；頻道經多年運行、逐次調整編排之后，缺乏有序、科學的梳理。[35] 
2015年4月9日，6月6日至8日，因“東方之星”沉船事故，按照廣電總局的規定暫停娛樂節目并播出紀錄片，另外還穿插播出2014中國夢歌曲、哀悼結束期間穿插重播《藝術人生》、《文化視點》（《文化正午》、《文化大百科》為首播）等；[36] 8月16日至21日，因“天津濱海新區”爆炸事故暫停娛樂節目改播紀錄片，另外穿插播出三十首抗戰歌曲，重播《勝利之歌——紀念中國人民抗日戰爭暨世界人民反法西斯戰爭勝利70周年音樂會》。
2016年，央視綜藝頻道布局了以‘戰斗機’（十大品牌周播欄目）為護航編隊，以‘轟炸機’（黃金檔多個重量級季播節目）為主攻部隊，以‘直升機’（春晚、元宵晚會、端午晚會等大型特別節目）為特種戰隊的多兵種協同作戰的立體化電視生態體系。特別是全球獨創的晚間綜藝季播‘三疊拼’的編排方式（即黃昏檔+黃金檔+夜間檔），采用錯位競爭，差異定位的方法。[37] 9月13日，CCTV-3更改版面編排，《非常6+1》改為每周一21:00，《越戰越勇》改在每周三19:30首播，次周五21:00重播。《我要上春晚》恢復每周日19:30播出，由李思思、任魯豫主持。10月8日。《幸福賬單》臨時改為周六21:00，2017年起恢復19:30。