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1．進出境報關
首先說點非自用的吧，包括加工出口、轉口、倉儲和展示，采取備案制，填寫進出境貨物備案清單，即保稅區內企業的加工貿易料件、轉口貿易貨物、倉儲貨物進出境，由收貨人或其代理人填寫進出境貨物備案清單向海關報關；
 
對保稅區內企業進口自用合理數量的機器設備、管理設備、辦公用品及工作人員所需自用合理數量的應稅物品及貨樣，由收貨人或其代理人填寫進口貨物報關單向海關報關。 
 
為保稅加工、保稅倉儲、轉口貿易、展示而從境外進入保稅區的貨物可以保稅。從境外進入保稅區的以下貨物可以免稅：區內企業自用的生產、管理設備和自用合理數量的辦公用品及其所需的維修零配件，生產用燃料，建設生產廠房、倉儲設施所需的物資、設備，但是交通車輛和生活用品除外；保稅區行政管理機構自用合理數量的管理設備和辦公用品及其所需的維修零配件。
 
2．進出區報關
進出區報關要根據不同的情況按不同的報關程序報關。
 
（1）保稅加工貨物進出區
進區，報出口，要有加工貿易紙質手冊或者加工貿易電子賬冊、電子化手冊，填寫出口貨物報關單，提供有關的許可證件。出口應當征收出口關稅商品的，須繳納出口關稅；海關不簽發出口貨物報關單退稅證明聯。
出區，報進口，按不同的流向填寫不同的進口貨物報關單：
 
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①出區進入國內市場的，按一般進口貨物報關，填寫進口貨物報關單，提供有關的許可證件。
保稅區內的加工企業內銷的進口料件或其制成品（包括殘次品），以接受內銷申報的同時或者大約同時進口的相同或者類似貨物的進口成交價格為基礎確定完稅價格。
 
保稅區內的加工企業內銷的進料加工制成品中，如果含有從境內采購的料件，以制成品所含有的從境外購入的料件的原進口成交價格為基礎確定完稅價格。料件的原進口成交價格不能確定的，以接受內銷申報的同時或者大約同時進口的與料件相同或者類似貨物的進口成交價格為基礎確定完稅價格。
 
②出區用于加工貿易的，按加工貿易貨物報關，填制加工貿易進口貨物報關單，提供加工貿易紙質手冊或者加工貿易電子賬冊、電子化手冊。
 
③出區用于可以享受特定減免稅企業的，按特定減免稅貨物報關，提供進出口貨物征免稅證明和應當提供的許可證件，免繳進口稅。
 
（2）進出區外發加工
保稅區企業貨物外發到區外加工，或區外企業貨物外發到保稅區加工，需經主管海關核準。
進區提交外發加工合同向保稅區海關備案，加工出區后核銷，不填寫進出口貨物報關單，不繳納稅費。


 
出區外發加工的，須由區外加工貿易經營企業在加工企業所在地海關辦理加工貿易備案手續，申領紙質手冊，或者建立電子賬冊、電子化手冊，需要建立銀行保證金臺賬的應當設立臺賬，加工期限最長6個月，情況特殊，經海關批準可以延長，延長的最長期限是6個月。備案后按保稅加工貨物出區進行報關。