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咖啡是屬于阿卡那科常綠樹植物，若是野生的，甚至可以長到八公尺以上。但在農園中都將高度剪至二公尺左右，以保咖啡豆的品質，并便于管理。


目前最主要栽種的樹種有阿拉比卡種、羅布斯塔種（卡內弗拉種）及利比里卡種等三原種。其又可細分為數十種品種，在生產、流通及交易時、也都會加以區別的。


即使是在同一生產國中，也會因為各地區的氣候、海拔、土質的不同，而微妙的影響及咖啡豆的風味及品質，以及產生各自的特征來。因此依品種、產地、品牌的不同，會有各自不同的屬性；故無法將一國的咖啡豆之特征，僅以一句話來形容的！


收成果實后到出貨上市前要先去除外皮、果肉、內果皮及銀皮。其方法有干燥式（亦稱天然法或非水洗式）與水洗式兩種。干燥式方法較為單純。

首先，將剛采下的果實廣布在曝曬場上一兩個星期，直到果實發出霹啪的聲音為止，自然干燥之。

之后，以脫殼機將干掉了的果肉、內果皮和銀皮去除。


以這種方式精制而成的咖啡豆，呈微酸而略有苦味。幾乎所有巴西產的咖啡豆、埃塞俄比亞、葉門等地之咖啡豆都是以這種方法取得的。這種方法的缺點是容易受天候的影響，以及易摻入瘕疵豆和其它雜質。因此，必須細心地加以篩選才行。


另一種方式則是水洗式，即將收成的果實放入流動的水槽，除去浮在水面的果實之后，以果肉去除機剝除外皮和果肉。再放入水槽，將浮出的果肉去除。之后，移入發酵槽，浸泡半天到一天，再將發酵的咖啡豆表面上的膠質溶掉。再以水洗過后，曬干數日后以機器干燥之，最后用脫殼機將內果皮去除，即成為可作為商品的生咖啡豆。

水洗式的咖啡豆，色澤較美，且雜質也較少。哥倫比亞、墨西哥、瓜地馬拉等國產量的70%左右都采此一方法。

有時在發酵過程中，若處理不當將可能發出發酵臭及其特有的酸味；但處理得當的話，各種豆都能夠散發出其獨有的咖啡香來。