無菌室一般是在微生物實驗室內專辟一個小房間。一般用EPS板材建造。面積不宜過大，約4 — 5 平方米即可，高 2.5 米左右。無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。無菌室內的地面、墻壁必須平整，不易藏污納垢，便于清洗。工作臺的臺面應該處于水平狀態。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面1 米。工作人員進入無菌室應穿滅過菌的服裝，戴帽子。    當前無菌室多存在于微生物工廠，一般實驗室則使用超凈臺。超凈臺其主要功能是利用空氣層流裝置排除工作臺面上部包括微生物在內的各種微小塵埃。通過電動裝置使空氣通過高效過濾器具后進入工作臺面，使臺面始終保持在流動無菌空氣控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流動的氣簾防止外部帶菌空氣進入。
無菌操作技術當前不僅在微生物學研究和應用上起著舉足輕重的作用，而且在許多生物技術中也被廣泛應用。例如轉基因技術、單克隆抗體技術等。 
凈化原理
  氣流→初效凈化→空調→中效凈化→風機送風→管道→高效凈化風口→吹入房間→帶走塵埃細菌  等顆粒→回風百葉窗→初效凈化重復以上過程，即可達到凈化目的.
 無菌室是一個微生物檢測的重要場所，也是最基礎的設施，是檢測微生物質量保證的重要物質基礎。
無菌室的的標準要符合GMP潔凈度的標準要求。無菌室的要求規范是：無菌室的采光要良好，勁量避免潮濕和原理廁所和污染區，面積一般不超過10平凡米，不小于5平方米，高度不超過2.4米，有一到兩個緩沖區，操作間組成。
無菌室應具有空氣除菌過濾的單向流空氣裝置，操作區潔凈度100級或放置同等級別的超凈工作臺，室內溫度控制18—26℃，相對濕度45%—65%。