自清洗過濾器一旦堵塞，會引起配水不均、系統性能下降，甚至造成整個系統癱瘓，這樣就不得不耗費大量人力和財力來排除堵塞或重建系統。因此為防止自清洗過濾器堵塞和投資浪費，任何微灌系統都必須合理配置過濾設備。在選擇過濾設備之前，應首先確定以下因素：
1、弄清楚自清洗過濾器灌溉水中含有哪些雜質。通過水質化驗可獲得雜質的粒徑、物理特性、濃度等指標，這些指標將決定所選過濾器型式及其維護方式。
2、確定所選自清洗過濾器的流道直徑，將用此直徑選定自清洗過濾器的過濾能力。
3、確定自清洗過濾器灌溉系統的峰值流量，將用此流量選擇過濾器的過濾容量。
4、進行自清洗過濾器造價比較。若選定了一種自清洗過濾器，但必須把自動控制和維護管理費用加進總造價中，進行經濟比較后選擇合適的過濾系統。
所選自清洗過濾器的目數即過濾器的過濾能力取決于自清洗過濾器的流道直徑，大量觀測數據表明，僅七、八個懸浮固體顆粒就可在流道出口處形成一個弧形堆積帶，從而引起灌水器堵塞。要防止這種弧形堆積帶的形成，對于微噴系統的自清洗過濾器，必須能將大于1/7噴咀直徑的雜質全部濾掉；對采用長流道滴頭的滴灌系統，自清洗過濾器的過濾能力務必達到能將大于1/10滴孔直徑的雜質全部濾出。
自清洗過濾器所過濾的污水一般含沙量超過200mg/L或水中含有氧化鐵，均需建沉沙池進行水質處理，沉沙池設計應遵循以下原則：
1、自清洗過濾器微灌系統的取水口盡量遠離沉沙池的進水口。
2、在自清洗過濾器灌溉季節結束后，沉沙池必須能保證排掉所沉積的泥沙。
3、自清洗過濾器微灌系統盡量提取沉沙池的表層水。
4、在自清洗過濾器滿足沉沙速度和沉沙面積的前提下，應建窄長形沉沙池，這種形狀的沉沙池比方形沉沙池的沉沙效果好。
5、從自清洗過濾器反沖出的水應回流至沉沙池，但其回水口應盡量遠離微灌系統的取水口。
自清洗過濾器具有砂石分離功能
自清洗過濾器的砂石分離功能是由高速旋轉水流產生的離心力，將砂粒和其它較重的雜質從水體中分離出來，它內部沒有濾網，也沒有可拆卸的部件，保養維護很方便。其底部的積沙室必須頻繁沖洗，以防沉積的泥沙再次被帶入系統。針對有機物或比水輕的雜質，砂石分離效果很差。
只有在一定的流量范圍內，自清洗過濾器的砂石分離功能才能發揮出應有的凈化水質的效果，因而對那些分區大小不一、各區流量不均的灌溉系統，不宜選用此種過濾器。自清洗過濾器砂石分離功能正常運行條件下的水頭損失應在3.5—7.7m范圍內，若水頭損失小于3.5m，則說明流量太小而形不成足夠的離心力，將不能有效分離出水中的雜質。
只要通過自清洗過濾器砂石分離功能的流量保持恒定，則其水頭損失也就是恒定的，并不象網式和砂石過濾器那樣，隨著濾出的雜質增多其水頭損失也隨之增大。
對大于200目的雜質，自清洗過濾器砂石分離功能雖可分離出95%，但它并不能分離出水體中的所有雜質，因此它只適宜用于微灌系統水質的初級過濾，一般用在含沙量大的地下水和地表水的初級處理中。
在所有自清洗過濾器中，用砂石過濾功能處理水中有機雜質和無機雜質最為有效，這種自清洗過濾器濾出和存留雜質的能力很強，并可不間斷供水。只要水中有機物含量超過10mg/L時，無論無機物含量有多少，均應選用自清洗砂石過濾器。
過濾罐通常做成圓柱狀，罐直徑為0.6—1.2m，罐內濾料厚約25—50cm。它允許在濾料表面淤積幾厘米厚的雜質，這一點遠比網式和疊片式過濾器優越。自清洗砂石過濾器系統通常為多罐聯合運行，以便用一組罐中濾后的水來反沖其它罐中的雜質，過流量越大需要并聯運行的罐也越多。
1. 自清洗過濾器砂石過濾功能的供水工作方式
當自清洗過濾器在正常過濾狀態下，未經過濾的水從每個罐的上部進入罐中，在水壓力的作用下均勻透過濾料匯集到罐的底部，然后將各罐中的清潔水匯到干管中送入灌溉系統。在自清洗過濾器的設計中，必須保證水體均勻擴散在濾料中，再由底部的集水裝置匯集這些清潔水，嚴禁水體只從局部濾料中穿過。
2. 自清洗過濾器的反沖工作方式
當自清洗過濾器某個過濾罐需要沖洗時，其它罐中濾后的清潔水部分從該罐的底部流入，反向透過濾料，使濾料膨脹后孔隙擴張，從而將留存的雜質反沖出罐體。反沖流量必須足以使濾料膨脹并沖洗出雜質，但同時又不能將濾料帶出罐體，因而在排污管上裝有閥門，用于控制和調節反沖流量。自清洗過濾器必須用濾后的清潔水反沖洗，因此決定了一個砂石過濾系統至少由兩個過濾罐并聯組成，才能實現用一個罐中的清潔水去反沖洗另一個罐。
當某個罐處于反沖洗狀態下，反沖水流自該罐的底部反向流入，由于反沖水流在罐中有循環流動的跡象，因此少量細小的雜質可能被帶到并殘留在該罐的底部，當該罐轉入正常供水狀態時，為防止這種雜質進入灌溉系統，應在自清洗過濾器的下游再裝網式或疊片式過濾器，確保系統安全運行。
    即使自清洗過濾器在清潔狀態下正常供水，水體透過濾料也存在水頭損失，造成過濾罐進、出口間有一個既定水頭差，只要在這一既定水頭差基礎上又增加3.5m水頭差時，整個過濾系統就應該進行反沖洗。在實際操作中，當過濾罐進、出口間總水頭差超過7m時，就必須進行反沖洗。