在以往的高新技術企業認定過程中，企業在諸多方面存在一些問題，比如認定中的工作安排問題以及企業自身的資質一系列的問題。時至今日，對于已經通過認證的企業來說，如何維持高新技術企業資格？對于尚未通過的企業來說，如何再次進行高新技術企業認定？天拓力行結合多年的實務經驗，將對高新技術企業認定的全過程進行以下分析，為企業進行一定的風險提示。
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一、自身資質問題
在具體高新認定條件準備中，我們發現企業自身資質疑難點主要集中在以下幾個方面：
1.核心自主知識產權缺乏。
由于中國專利保護力度仍然在完善當中，當企業擁有了行業領先的技術后，一般不太愿意進行公開專利申請。這就導致很多企業雖然具有符合高新領域的技術或產品，其相應的技術等也的確達到國內甚至國際領先水平，但囿于未專利申請的限制，依然無法達到高新認定的要求。


2.研發費用不足。
由于工作指引設定的研發費用核算范圍與會計準則并不一致，企業在進行費用歸集的時候存在極大的障礙，甚至不少進行專項審計的中介機構在前期也無法明確研發費用的歸集，這在很大程度上拖延了企業的高新申報進程。


3.高新領域無法確定。
由于此次高新領域的調整，原有的部分領域被刪除或簡化，同時新的領域在某些部分存在含糊，比如第五大類的“高技術服務業”，規定甚為籠統。因此不少企業無法找到完全貼合企業產品或技術的領域，從而導致企業在申報時出現領域選擇不準確而無法通過評審的情況。


4.組織管理水平欠缺。
比較突出的就是許多原本就具有高新資格的企業并沒有相對完善的研發組織和管理制度，較多的采取的是粗放式管理，在準備相關資料的時候未能較好的進行提煉整合，使得企業在此方面不能夠很好的得分。


5.項目歸集困難。
在本次新標準下，很多企業在進行項目歸集時不能很好的描繪出符合高新領域的要素，導致研發項目不被評審專家所認可，從而使得該項目相關的費用等被扣除出研發費用，進而讓企業出現研發費用達不到比例的境況。


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