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溫度溫度不僅影響干燥速度，而且影響化學成分存在的狀況。溫度過高會使揮發油大量喪失，有效成分降低，還會使藥材枯焦。
水分加工用水清潔度很重要，水渾濁或鹽堿高會污染藥材，使之失去色澤等。雨后采收的菊花、紅花干后會粘結成團，色澤暗淡。
化學成分加工過程中，藥材的化學成分不斷發生變化。加工不當，有些成分會丟失或變質；如不及時干燥，皂甙成分易分解損失；使用鐵器切削，鞣質會變黑等。
輔助材料如白芍浸漬加入玉米粉漿、豌豆粉漿能抑制氧化變黑，附子加工需用鹽或鹽鹵，貝母加工要加蚌殼灰等。藥材初加工，都要在加工過程中加入不同的輔料，輔料質量好壞對藥材也有較大影響。
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