溶菌酶是一種無毒、無副作用的蛋白質，又具有一定的溶菌作用，因此可用作食品防腐劑。現已廣泛應用于水產品、肉食品、蛋糕、清酒、料酒及飲料中的防腐；日本用15mg/kg溶菌酶用于低度酒的防腐，還可以添入乳粉中，使牛乳人乳化，以抑制腸道中腐敗微生物的生存，同時直接或間接地促進腸道中雙歧桿菌的增殖。溶菌酶殺菌防腐，由于不經過加熱，屬于冷殺菌，因而避免了高溫殺菌對食品風味的破壞作用，尤其對熱敏感的物質更具有重要意義。此外，溶菌酶對人體安全、無毒、無害，且具有一定的保健作用。
用于畜禽及水生動物，由球菌、桿菌等細菌引起的黃白痢、腸胃炎等疾病治療和預防，效果顯著。抗病毒，對流感、高熱和呼吸道疾病及水生動物中的病毒性疾病都有顯著的防治效果。與抗生素類藥物合并使用時具有增效作用，可適當減少抗生素的用量，以防止產生耐藥菌。
添 加 量】 
用量/品種 乳、仔豬 中、大豬（母豬） 禽 類 魚、蝦、甲魚
克/噸飼料 10-20 5-10 5-10 20-30