微波食品殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。熱效應主要表現在物料受到微波的加熱，物料升溫而到達到殺菌的目的。另外，生物效應——通過高頻的電磁場來改變物體內部的分子結構，致使微生物內蛋白質及生理活性物質發生異變，而喪失活力或死亡。所以微波屬稱低溫殺菌設備，與高溫殺菌設備相比，兩者達到同樣的殺菌效果時，高溫殺菌需要溫度達到120度以上，并且保持20分鐘以上；而微波殺菌設備只需3~5分鐘，溫度達到80~85度即能達到有效的殺菌效果。

微波殺菌設備的特點：

1、微波時間短、速度快

          傳統殺菌是通過熱傳導、對流或輻射等方式將熱量從食品表面傳至內部，要達到殺菌溫度，往往需要較長時間。微波殺菌是微波能與食品及其細菌等微生物直接相互作用，熱效應與生物效應共同作用，達到快速升溫殺菌目的，處理時間大大縮短，各種物料的殺菌作用一般在3-5分鐘。

2、微波殺菌均勻徹底

          由于微波具有穿透殺菌的作用，對食品進行整體處理時，表面和內部同時受到作用，所以微波殺菌更均勻、更徹底。

3、微波低溫殺菌保持營養成分和傳統風味

　　微波殺菌是通過特殊熱和非熱的效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間獲得所需的消毒殺菌效果。一般殺菌溫度在75-80攝氏度，就能達到效果，此外微波處理食品能保留更多的營養成分和色、香、味、形等風味。

4、微波設備節約能源

傳統殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用，因而沒有額外的熱能耗損。相比而言，一般可節電30％-50％。